En el mes de julio del 1990, mediante el Decreto núm. 245, se crea el Patronato del Acuario Nacional, con personalidad jurídica y patrimonio propio. Este Patronato, conformado por personas e instituciones señaladas por el Poder Ejecutivo, tendría entre sus atribuciones, coordinar junto con la Dirección del Acuario Nacional, las actividades científicas y educativas efectuadas por la entidad.

En ese mismo año se integran a dicho Patronato el Centro de Investigación de Biología Marina, dependencia de la Facultad de Ciencias de la Universidad Autónoma de Santo Domingo, mediante el Decreto núm. 385-90 y el Museo Nacional de Historia Natural, con el Decreto núm. 515-90.

En el año 2000, se promulgó la Ley núm. 64-00 que crea la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales, hoy Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales, y se adscribe el Acuario Nacional a este organismo, pero conservando la autonomía funcional, jurisdiccional y financiera, así como patrimonio y personalidad jurídica propia.

Esta misma Ley creó el Consejo Directivo para dicha institución, presidido por el Ministro de Medio Ambiente y Recursos Naturales, conformado y reglamentado mediante Decreto del Poder Ejecutivo.

Ofrecer una visión general de la biodiversidad costera y marina, promoviendo su conocimiento a través de exhibiciones, actividades educativas y estudios científicos como medio de divulgación para fomentar y promover su conservación y protección.

a) Recibir y administrar los recursos económicos aportados por el gobierno dominicano y las donaciones provenientes del sector privado u otros organismos, para el funcionamiento y sostenimiento del Acuario.
b) Realizar las actividades científicas y educativas relativas a la flora y fauna acuícola del país.
c) Recomendar al Poder Ejecutivo todas las medidas que resulten útiles y necesarias para el mejor desenvolvimiento de las actividades del Acuario.
d) Exhibir especímenes de la flora y la fauna marina tropical de los ecosistemas del país.
e) Desarrollar y publicar las investigaciones científicas a fin de promover el crecimiento de los organismos que integran la fauna y la flora nacional.
f) Desarrollar un programa de educación para promover la conservación y cuidado de las especies acuáticas.
g) Establecer intercambios y acuerdos de colaboración con otras instituciones nacionales e internacionales relacionados con el área de su competencia.

- Decreto núm. 245-90, de 22 de julio del 1990, Gaceta Oficial núm. 9785, que crea el Patronato del Acuario Nacional.
- Decreto núm. 385, del 1 de octubre de 1990, Gaceta Oficial núm. 9793, que integra el Centro de Investigación de Biología Marina (CIBIMA) como miembro ex-oficio del Patronato del Acuario Nacional.
- Decreto núm. 515, del 19 de diciembre de 1990, Gaceta Oficial núm. 9798, que integra al Museo Nacional de Historia Natural al Patronato del Acuario Nacional.
- Ley núm. 64-00, del 18 de agosto de 2000, Gaceta Oficial núm. 10056, que crea la Secretaría de Estado de Medio Ambiente y Recursos Naturales( hoy Ministerio) y adscribe a ésta el Acuario Nacional.
- Decreto núm. 166-01, del 31 de enero de 2001, Gaceta Oficial núm. 10071, que conforma el Consejo Directivo del Acuario Nacional.

- Decreto núm. 56-10, de febrero 2010, que establece el cambio de denominación de la Secretaría de Estado a Ministerio de Medioambiente y Recursos Naturales, en forma transitoria, hsta tanto se apruebe la legislación correspondiente.